治疗肛瘘病情不严重的情况下，一般是采取口服用药和局部用药的方式联合治疗外痔，可以选择用消肿止痛的洗剂，或者是利用坐浴的方式来减轻症状，也可以选择外涂金黄膏，而口服用药需要用抗生素控制炎症，也可以起到消肿的目的。平时也要注意好自己的生活习惯和日常护理，避免让局部再次感染，要防止便秘。
于肛周脓肿来说，都需要采取手术治疗，否则久治不愈会导致肛瘘的发生，建议忌食腥、辣刺激性食物。平素要多吃含纤维多的食物，多喝水，多吃点蔬菜水果，多吃易消化的食物，少吃油腻辛辣的食物。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
轻微肛瘘症状，流脓，肛瘘流脓的程度与瘘管的长短、多少是有一定关系的，新生的瘘管流脓较多，分泌物不断的刺激皮肤，出现瘙痒的症状，而且瘘管内的脓液积聚也会出现肿胀疼痛，甚至会引起发烧，而且瘘管外口排出的脓液一般是血性有粘稠性的，比较深的高位肛瘘，还会有粪便和气体排出。
流脓：脓液多少与瘘管大小、长短及数目有关。新形成或炎症急性发作期的瘘管脓多、味臭、色黄而浓厚，经久不愈的瘘管脓液较少或时有时无。脓液急剧增多，局部脓肿，体温增高。常因肛瘘炎症急性发作或有支管形成。结核性肛瘘脓液多而清稀，呈米泔水样，可有干酪样坏死物。肿块：肛缘索条状硬块。