两种。根据瘘管位置的高低可分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以上，低位肛瘘的瘘管位于外括约肌深部以下。一旦确诊肛瘘，须尽快手术治疗。
肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常被称为肛瘘。肛瘘按瘘管位置高低可分为低位肛瘘和高位肛瘘；按瘘管与括约肌的关系可分为肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型和肛管括约肌外型。
按瘘管与括约肌的关系分为四大类。肛管括约肌间型、经肛管括约肌型、肛管括约肌上型、肛管括约肌外型。肛管括约肌间型，瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。
肛瘘的原因有：肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。或者是直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
肛瘘有两种，一种是普通肛瘘，另一种是高位肛瘘。普通肛瘘会在局部摸到包块、索条，会反复的破溃，流脓或者流血。高位肛瘘，没有流脓、流血，也摸不到包块，但是平时会有下坠感。