肛瘘早期症状有流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛，一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛瘘的病人在早期会出现肛门脓肿、疼痛、肿硬结、瘙痒多种等症状，脓液会经常刺激瘘口周围的皮肤，导致肛门皮肤出现瘙痒、湿疹等现象。并且还会出现排便困难、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等。到医院进行修补手术，达到治疗的目的。
肛瘘最早期症状：流脓是肛瘘的主要症状之一，早期的时候会发现在肛门口有一个硬结，用手可以摸到，按压的时候会有少量的脓液流出。脓液流出的越多就表明病情越严重，脓液流出会弄脏内裤。由于肛瘘的瘘管被堵住流通不顺畅就会发生局部的肿胀，引起痛感，偶尔还会伴有全身发热的体征。其他并发症：肛瘘还伴有排便不畅、瘙痒等并发症。
肛瘘的典型症状会有肿痛，肿胀，破溃流脓，指诊可触及到一个条索状的组织通向肛内，一般肛瘘的发生都有脓肿的病史，脓肿破溃之后形成的肛瘘，形成肛瘘的时间也要在两到三个月左右，也有可能是肛裂刺激所导致的皮下瘘，肛瘘的部位以及位置也会导成局部的疼痛或者是狭窄，从而引起便秘的出现。
主要症状可有肛门流脓、肿痛、肿块、瘙痒等症状，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。肛瘘是肛门外皮肤与肛管或直肠相通的感染性管道，包括外口、内口及之间的瘘管。