肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
一般只要发现形成脓肿，需要及时做脓肿切开引流。肛周脓肿主要是由于不注意肛周卫生、抓挠肛周皮肤破损感染等。可以出现肛周局部红、肿、热、痛的表现。术后应用抗生素。平时要注意肛周卫生。禁止抓挠。建议清淡饮食，多食用富含素食纤维的食物，防止便秘，经常坐浴。
引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：感染性因素现代医学认为，感染是引起本病的主要原因；医源性因素临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见，如因操作不当或药剂不洁感染形成黏膜下脓肿；直肠周围注射化学药物刺激，引起组织坏死，造成直肠周围脓肿；乙状结肠镜检查，造成腹膜穿孔感染，引起直肠后间隙脓肿等。
肛周脓肿如果自己破了，也应该到医院去就诊，应该及时的选择切开引流，在局部麻醉或者硬膜外麻醉的支持之下进行操作。因为肛周脓肿的这种疾病在手术当中的痛觉是很明显的，并且也容易并发邻近软组织的感染。
肛周脓肿属于肠道内细菌感染，肠道内细菌感染是其主要的致病因素。肛窦是感染的入口，也是脓肿和成瘘后的内口。肛腺是感染的途径，肛腺先发生感染，然后蔓延，肛周间隙是最终的发病部位。肠道内的细菌进入肛窦，使其发炎，堵塞肛腺开口，导致肛腺液体流出受阻，引起肛腺感染，感染又通过肌间隙。