慢性直肠炎的发生和免疫、感染等因素相关。慢性直肠炎可由急性肠炎反复发作引起，长期过度疲劳、情绪激动、过度精神紧张，也可成为慢性肠炎的诱因。其病因可为细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，也可为过敏、变态反应等原因所致。
引起慢性直肠炎的原因跟是跟人体的免疫力和细菌感染有关，肠息肉肠道狭窄等多种肠道疾病，要得到及时的治疗，从而慢慢就会形成慢性直肠炎，并在治疗过程会比较长，平时要保持乐观的心态，注意饮食，慢慢调理自己的身体。
长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、慢性非特异性结肠炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。此外，痔疮、肛瘘、肛裂、毛囊炎等长期刺激肛门皮肤，也可引起炎变。饮食不慎、过度饮酒、过食刺激性强的食物等，不适当的长期服用泻药，肛门内腐蚀性药物过多，细菌感染均可引起直肠炎。
造成直肠炎的原因有慢性炎症的刺激：长期的慢性炎症可能是引起肛门直肠炎的要素。如慢性细菌感染、阿米巴痢疾、慢性非特异性结肠炎、憩室炎等，使得粘膜发生肉芽肿、炎性变和假息肉阶段而发生炎变。
常有发作期与缓解期交替或持续性逐渐加重，偶呈急性暴发。直肠炎症状反复发作的原因有，轻信偏方、盲目治疗，许多人由于各种各样原因，不去正规肛肠医院进行治疗。轻信偏方，盲目服用药物，其结果只能是越治越重，治疗浅尝辄止，部分人虽然接受了正规治疗，但是却不能坚持下来，病情稍一缓解就擅自停止用药，结果造成病情反复发作，以至于越来越重，还导致疾病对药物的敏感性下降，耐药性增强，治疗难度加大。
一般情况下，慢性直肠炎可以用使用药物治疗或者手术治疗。具体分析如下：
通常来讲，慢性直肠炎的治疗上，可以选择直肠给药，可以局部使用美沙拉嗪联合糖皮质激素保留灌肠法。在药物选择上，可以使用复方谷氨酰胺肠溶胶囊、匹维溴铵等药物来治疗，防止细菌或病毒对肠黏膜造成的损坏，还可以缓解肠痉挛。此外，治疗期间，患者需要清淡饮食为主，避免高纤维、辛辣的食物的摄入，不要焦虑、紧张，避免植物神经功能紊乱。需注意的是，所有药物要在医生指导下服用。
