目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
巧克力囊肿一般的很少会导致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的怀孕的意见建议但是子宫内膜异位症容易对怀孕产生不好的影响，另外会导致痛经以及月经的量的异常。
巧囊需要使用药物治疗，如果病情严重需要进行手术切除，输卵管积水输卵管积水的可以使用中药治疗，也可以采用内科把输卵管积水以阴道超声波，或者腹腔镜的方式抽吸掉。卵巢早衰要以生活方式来调整，即保持正常体重，适当进行负重锻炼。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
巧囊和盆腔黏连还是比较严重的。巧囊随着病情的延长，当囊腔内的积血过多，压力过高的时候就会发生破裂。囊肿破裂后流到盆腔内的积血会刺激腹膜，引起剧烈的腹痛，这时候就会造成盆腔器官的粘连。
