巧克力囊肿手术后为了防止再次复发，术中需要冲洗盆腔，然后注射防止巧克力囊肿复发的药物。一般巧克力囊肿手术后为了防止复发，都是用药物让三个月不来月经，来达到预防复发的目的。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
服用消炎、止痛、化瘀的药物以及注意个人卫生，饮食尽量以清淡为主，对于辛辣等刺激性食物要忌口，保持心情的愉快，定期到医院复查体检，预防囊肿复发。手术后有分泌物增多、分泌物黄色、出血的现象，不需要过于担心，这些都是属于正常的现象。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
怀孕后对巧囊有一定的治疗作用，建议可以彩超监测卵泡，在医生指导下同房，同房后抬高臀部，以提高受孕的几率。建议经期避免剧烈运动，避免受凉，避免熬夜，注意经期卫生，少吃辛辣油腻生冷刺激的食物。
巧克力囊肿一般术后不会复发的，配合生活方面注意就可以了。平时一定要注意休息，饮食要清淡，多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，定期做好复查，有情况要及时去医院处理。