巧克力囊肿是不会癌变的，因为巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢当中，而且随着月经周期的变化，定期出血所造成的临床现像。所以不会癌变，并且表现为痛经，下腹部疼痛，或者有人会因为病灶在卵巢上影响卵巢排卵障碍，而导致不孕不育。手术治疗。绝经以后，病灶内的子宫内膜也会萎缩，症状消失。
巧克力囊肿是妇科常见的良性病变，不是癌变，所以无需过度的紧张，但也需要引起重视，巧克力囊肿主要是子宫内膜异位症造成的，所以发现囊肿，当囊肿超过5cm以上必须及时手术，不能长在体内。
卵巢囊肿在B超上是可以看到的，一般卵巢部的液性暗区可能是卵巢囊肿也可能是成熟的大卵泡，有经验的B超医生是可以分辨出来的，如果报告上说双侧附件未发现占位性病变，那是成熟卵泡的可能性大，如果B超单上诊断那一栏里写了液性暗区那囊肿的可能性大。
巧克力囊肿十年没有变化，癌变的几率不大，但是并不排除没有癌变的可能，为了避免巧克力囊肿恶化，发生癌变，发现巧克力囊肿就及时治疗。而且不能让外界因素导致感染，发现变化就必须治疗。
巧克力囊肿一般是不会影响输卵管不通的，两者之间没有直接关系，排卵如果正常就说明输卵管没有堵上，如果还不放心，可以在月经干净以后去医院检查输卵管的通畅情况是否正常。
巧克力囊肿癌变的症状是下腹不适感，为病人未触及下腹肿块前的最初症状。由于肿瘤本身的重量以及受肠蠕动及体位变动的影响，使肿瘤在盆腔内移动牵扯其蒂及骨盆漏斗韧带，以致病人有下腹或骼窝部充胀、下坠感。