可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。应坚持随访并争取尽早怀孕对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到卵巢引起的。如果囊肿较大超过5厘米，需要行手术治疗。手术后要适当下床活动，防止肠黏连，同时要加强营养，增加蛋白质的摄入，有利于伤口的愈合，平时要加强个人卫生，保持会阴部清洁干爽。
卵巢是生成卵子并排卵、调节内分泌激素、平衡内分泌之器官，若是内分泌受到影响很容易导致卵巢出现问题，进而引起卵巢巧克力囊肿的发生。频繁的性生活。一些女性在房事上不加以节制，频繁的性生活或者频繁的更换性伴侣会加大性生活强度，长期如此也会引来一些疾病，比如卵巢巧克力囊肿，多发生于青春期少女或更年期妇女身上。
临床表现主要有：痛经，痛经是子宫内膜异位最明显的症状，却是最容易忽略的先兆，常进行性加重，性交疼痛，这也是一个明显的信号，可能还伴有点状出血，卵巢巧克力囊肿的症状并不是十分的明显。
巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。