对于软骨瘤通常采用手术治疗。对于内生软骨瘤，可以采用病灶刮除植骨术；多发性内生软骨瘤因恶变的机会较大，一旦发生恶变就要进行截肢手术。对于因为关节磨损而出现的骨碎屑，或者伴有疼痛，可以采用理疗治疗.因为骨软骨瘤是一种良性的肿瘤，所以良性肿瘤治疗大部分就是手术切除。
有可能是属于局部损伤之后而引起的软骨瘤，也有可能是由于遗传基因引起，通常这个软骨瘤是属于良性的肿瘤，直接通过手术切除就可以，多发性骨软骨瘤病的存在并不一定需要做切除术.只有在局部发生疼痛，或产生压迫症状时，才可考虑切除有症状或引起症状的骨疣.手术方法同孤立性骨软骨瘤.切除时必须将覆盖其上的骨膜一并切除，否则容易复发。
骨软骨瘤目前无相应的药物降低其发生率，主要以手术治疗为主，手术切除软骨瘤周围软骨帽，软骨瘤的基底部和相应骨膜部分，术后复发率较低。其恶变概率约为1%，但是多发性软骨瘤恶变率相对较高，恶性表现为生长迅速的软组织包块或顶部呈菜花状的软骨瘤，合并恶变率会增大。基底部宽的软骨瘤也存在恶变倾向，此类型病变，积极手术。
膝盖软骨瘤唯一有效的治疗方法是手术切除。以往考虑骨软骨瘤随着骺板闭合会停止生长，而且恶变率非常低，只有0.5%-1%左右，所以只有软骨瘤出现疼痛，压迫神经、血管，才有手术指征。现在一旦确诊骨软骨瘤，还是切除，整个切除是比较有效的方法。多发性骨软骨瘤没办法一次切除，只能分次切除，先把累及关节活动或者压迫神经、血管的瘤子切掉，其他的可以分成二期手术，三期手术切除。
如果局部没有疼痛、局部没有明显突起，肿物生长缓慢，只需定期行X线检查，动态观察，不需要做特殊处理。如果肿瘤部位活动时疼痛，或者局部短时间内生长迅速，就需要手术切除。
软骨瘤是一种良性肿瘤，其生长相对缓慢，不出现疼痛和肿胀等不适症状，也不影响日常生活质量。如果担心影响外观，可以做切除手术。切除后治好率很高，但也有一定的复发可能性。应该仔细观察。如果有复发迹象，应立即进行对症治疗和早期治疗。