输卵管囊肿可以采取药物治疗，与手术治疗。药物治疗主要是输卵管囊肿的最基础的治疗方式，因为囊肿大多数都是因为炎症感染引起，可以用抗菌消炎的抗生素药物治疗，如果在药物治疗之后没有明显的效果，囊肿反而增大的情况下，可以选择手术治疗。
检查输卵管是否通畅，需要在月经干净后3-7天，而且在此期间要忌房事。没有急性阴道炎、宫颈炎的情况下，做输卵管通液和输卵管造影，可以了解输卵管是否通畅。输卵管通液，使用消炎药液和预防黏连的药液加入生理盐水，通过特制的导管，将药液注入，根阻力的大小，药液有无返流，来判断输卵管是否通畅。
治疗可以通过药物手术还有中医治疗。较早的检查方法就是通液检查。顾名思义就是将管子与宫腔相连，注入药水，如果药水顺利通过输卵管则输卵管没有囊肿堵塞，反之则需要进一步检查了。还有是用输卵管造影检查。通过造影技术可以清晰地看到输卵管内部状态，相比第一种方法简单清晰，且副作用较小。
输卵管囊肿通常由炎症感染引起，如内膜肿胀、间质水肿和渗出以及输卵管上皮脱落。属于附件囊肿。如果囊肿相对较小且生长缓慢，可不进行临床治疗，应观察一段时间。当发生急性输卵管炎时，如果不及时有效地治疗，可能会出现输卵管积脓和粘连。输卵管和卵巢可能包裹在里面。输卵管囊肿可能变大，严重的可能导致不孕。
输卵管囊肿一般可以采取药物治疗，与手术治疗，药物治疗主要是输卵管囊肿的最基础的治疗方式，因为囊肿大多数都是因为炎症感染引起，可以用抗菌消炎药物治疗，如果在药物治疗之后没有明显的效果，囊肿反而增大的情况下，可以选择手术治疗。
输卵管囊肿一种严重的妇科疾病，它给身体带来的危害也非常的大。输卵管囊肿生长到一定的程度，就会引起输卵管的黏连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而会导致继发性不孕。输卵管囊肿引起管腔的闭塞、粘连，会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，这使受精卵到达宫腔产生障碍而容易发生宫外孕。