巧克力囊肿主要是由于月经期子宫壁脱落的子宫内膜碎片因引流不畅，不能全部从阴道排出，有少量经输卵管向盆腔倒流。卵巢巧克力囊肿的病因尚未清楚，环境因素、生活习惯、精神状态等都可能与卵巢囊肿的发病有关系，但与已婚未婚没有什么关系。
种植学说，化生学说和上皮由来学说。常见的有经血逆流，医源性种植，淋巴传播和血管播散等，因为还有免疫学说。只要表现是痛经，而且还会进行性加重，另外还有性交痛，不孕或者月经失调等症状。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，发病机理，具体也不清楚，但是有可能与经血逆流，医源性种植，淋巴和静脉播散，遗传，免疫异常炎症等有关，有可能会引起痛经，如果严重的，还可能会影响以后怀孕，如果巧克力囊肿比较小的，可以考虑用药物治疗，如果囊肿比较大，一般是需要手术治疗的。经期要避免性生活，尽量不做流产，有可能减少子宫内膜异位症的发生。
采用腹腔镜微创手术，灭活异位的子宫内膜，微创手术，创伤小，清除和灭活异位内膜病灶更全面。通过药消灭物微小的异位病灶，使之快速凋亡，并调控激素水平，避免子宫内膜异位症死灰复燃。
生了孩子还会得巧克力囊肿，巧克力囊肿是子宫内膜脱异位到卵巢上，在月经来潮是伴有腹部剧烈疼痛或抽搐，破裂后会发生急剧腹痛，及时手术治理，宫腹腔镜下剥离，术后不在复发。
囊肿单纯采取药物进行控制效果是不明显的，及时采取手术治疗，手术可以采取腹腔镜微创手术治疗。囊肿大于5CM就需要手术治疗的，囊肿是会在一定的程度上影响生育和月经的，会降低受孕机会，即使怀孕后也容易引起流产或早产，现在还未结婚未育的情况下，尽早做囊肿剔除术。一般对以后的生育及内分泌没有影响的，只是做囊肿剔除，不需要切除卵巢，所以卵巢的功能是还在的，不影响激素的分泌和调节。