一般来说羊膜腔穿刺术是存在风险的，只是风险不大。
首先穿刺的难度是会因人而异的，所以风险也会不同与胎盘的位置、胎儿的体位以及穿刺部位的羊水量有相应的关系。穿刺术是有可能会导致子宫感染或者是流产的情况出现的，所以在进行羊腔膜穿刺术最好选择公立的正规医院，在术后是需要孕妇卧床休息的。在孕期最好是定期的进行孕检，以保证胎儿的正常发育。
羊膜腔穿刺术存在感染的风险，羊膜腔穿刺术属于产科侵入性操作，有可能会引起宫腔感染，还存在胎膜早破的风险，进行穿刺术需要穿过羊膜，进入羊膜腔以内，这样会造成羊水外漏，引起胎膜早破。
做羊膜腔穿刺术会伤胎儿。做羊膜腔穿刺术有一定的概率会损伤月齐带、胎盘、胎儿偶可发生脐带或胎盘血肿，或刺伤胎儿引起出血。若穿刺出血性羊水，应鉴别来自母体亦或胎儿，注意监测胎心，所以还是不要轻易手术。
孕妇排空膀胱以后，平卧手术床上，根据怀孕月份的不同，找到具体的穿刺部位，然后消毒铺单子，用穿刺针先刺入羊膜腔内抽取羊水后，再向羊膜腔内注射准备好的药物。注射完毕，可以暂时观察，24-48小时发动宫缩，宫颈口开全以后胎儿胎盘娩出。
腰椎穿刺后注意事项一般是需要注意护理。
首先要留意病人的意识，瞳孔，脉搏，呼吸，血压，类似于放液的时候，要留意病人的反应，在排出液体后要留意。除了需要患者躺在床上，还要保持清醒，尤其是呼吸。由于患者的头盖度较高，在注入脑脊液后，颅内的气压会下降，大脑中的大脑会因为压迫而往下运动。颅内大孔疝患者会出现呼吸停止、心跳停止、瞳孔扩大等症状，因此，在做腰身的时候要特别留意，尤其是在腰部穿衣之后。一旦发生，就会造成严重的影响，需要密切关注。
首先要检查羊水穿刺的适应症，如果是家庭中有什么特别的基因疾病，首先要有证据，其次，孕周一般都是18-22周，如果太早的话，很有可能会导致流产，而且孕周大了，细胞的培育也取决于细胞的成活率，通常会选择在18-22周之间进行穿刺。
穿刺前需要明确，孕妇没有穿刺的禁忌症，再加上需要做其他的检查，只要在规定的时候，就可以进行穿刺，明确胎儿的发育情况，排除基因异常的情况。