潜伏期差异很大，平均9年，可短至数月，长达15年，少数可以无症状生存20-25年。经过潜伏期后进入艾滋病期，出现典型的艾滋病相关综合征、各种机会性感染和肿瘤，此期生存率在很大程度上取决于抗病毒治疗情况和针对各种感染的治疗。
艾滋病的窗口期是三个月。有些人感染艾滋病后几年都没有任何症状。最快的感染两周后会出现下列症状头痛头晕乏力，流涕，咽喉痛，咳嗽，腰膝酸软，淋巴结肿大，皮疹，腹痛腹泻等。如果有高危行为，就要进行艾滋病检测。
可能是最晚三个月后能查出，艾滋病的窗口期通常2-6周，两周左右即可查出，但每个人产生艾滋病病毒抗体的时间不一样，所以三个月后检测结果如是阴性，就可以排除艾滋病病毒感染。
艾滋病2-3周可以查出来，感染艾滋病早期症状不特异，并且感染后到发病会有几年甚至十几年的时间。所以如果担心要尽早检查，医生会依据相关危险因素制定必要的检查，将有助于更早检测出艾滋病。
当人体感染上艾滋病后，抽血化验检查不会立刻出现检查到艾滋病毒抗体，需要经过2-3个月的窗口期，极少数的患者窗口期可能长达6个月。经过窗口期后抽血化验检查，就可以检查到艾滋病毒抗体。所以，在经过不洁性行为后2-3个月抽血化验检查，如果没有检查到艾滋病毒抗体，考虑感染上艾滋病的可能性不大。
感染艾滋病病毒后大概两周左右有症状。HIV进入人体后大概72小时侵犯局部淋巴结，在局部淋巴结大量复制，1周左右病毒释放入血，2周左右出现艾滋病急性期症状，表现为发热、咽痛、淋巴结肿大、皮疹、关节肌肉疼痛、倦怠乏力、头痛等类似流感样症状，还有一部分会出现恶心、腹部不适、腹泻等胃肠炎症状。