通常来说，纤维胃镜检查会有一定的痛苦感。
在做纤维胃镜时会有一些疼痛，这个测试要求将透镜用一根管子放进肚子里，然后用软管里的纤维将它传送到外面。最大的疼痛是气管在经过喉咙后会对咽部造成刺|激，引起恶心、呕吐等症状，通常情况下咽部疼痛会减轻一些。此外，在做检查的过程中，还要往胃里灌入一些气体，这样可以观察到胃壁有没有损伤，会出现腹痛等情况。
做脑脊液的检测并不困难，需要做的就是做腰椎穿刺，做留取脑脊液。腰椎穿刺一般会先感觉到轻微的疼痛。到了后面，麻醉结束，病人就不会感到痛苦了，只要穿刺成功，就不会觉得疼了。一般情况下，只要保留10ml至20ml的脑积水即可。
如果脑脊液检查的检测结果存在异常，建议患者积极配合医生，在医生指导下进行对症治疗，不可以耽误治疗时间。
做气管镜检查的时候，会有一定的不适感，但是，针对这种不舒服的感觉可以采取局部麻醉，使声门及会厌部的不舒适感减退，如果仍无法耐受时，也可采取全身麻醉后再做气管镜检查。
肛镜检查有轻微的痛苦，主要是与检查水平和检查态度有关，另外，与肛门口的大小，肛门及直肠的发育程度都是有一定的关系的。掌握了技巧，动作温柔，进入的角度正确，配合良好，肛镜做好充分的润滑，疼痛不重，有轻微的胀痛感。如果肛门狭小，可能疼痛的情况就比较重。
超声胃镜检查会有痛苦的，做超声胃镜通常状况下不是太痛苦，疼痛感是常人都可以忍受得住的，超声胃镜是先进的集超声波和内镜检查为一体的检查设备，可以仔细地查到身体不正常变化，是需要插管的。
