不排卵不孕的原因很多，首先到医院先排查内分泌等功能性疾病导致的不排卵，在月经周期的不同时间做血清雌激素、孕激素水平的测定，以了解卵巢功能情况，之后在排查生殖器官疾病，排查阴道、宫颈、子宫、输卵管、卵巢及盆腔等疾病引起的不孕，子宫的大小、位置是否正常，有无感染。
在临床上，通过B超检查会发现有卵泡，但是最终卵泡没有破裂，排出卵子主要是由以下原因所造成的。就是体内的激素水平不足，这样使卵泡内的张力不够，所以卵泡不会破裂，不能排除卵子。可以肌肉注射绒毛膜促性腺激素，增加卵泡的张力，排除卵子。由于卵泡发育的问题，比如卵泡壁过厚，最终卵泡形成黄素化而没有排卵。
卵巢的功能会影响排卵，受到下丘脑，垂体的调节，也就是性腺轴的调节，无论哪一个部位发生了病变，都会导致不排卵，有卵巢的炎症、肿瘤、结核，这些都可能会引起不排卵，甲亢或者糖尿病也会影响下丘脑，也会导致不排卵。
不排卵属于排卵障碍，引起排卵障碍的原因有很多，有中枢性排卵障碍，下丘脑性排卵障碍，垂体性排卵障碍，卵巢性排卵障碍，治疗要先找到病因再治疗。正规的医院检查确定排卵障碍的原因后，再针对病因进行治疗。
引起不排卵的原因有很多种，排卵障碍的原因包括以下几点：中枢神经系统性无排卵；下丘脑性无排卵；垂体性无排卵；卵巢性无排卵；多囊卵巢综合征；卵泡黄素化不破裂综合征；其他：性腺轴以外的其他内分泌系统如甲状腺、肾上腺皮质功能失调和一些全身性疾病如重度营养不良可影响卵巢功能而导致排卵障碍。