多发性肾结石可以通过手术进行治疗。感染性肾结石最常见的就是外科治疗，因此，一旦诊断出肾脏结石，要尽可能的进行外科治疗，但是要知道，外科治疗也有一定的适应症，肾结石的病人要知道这一点。对于那些在短时间没有排出的肾脏结石，如果肾脏的直径小于0.8cm，可以考虑用药，但是如果是肾脏的功能比较好，而且不会出现明显的炎症，如果结石的体积大于1cm，建议立即进行外科治疗。
多发性肾结石是比较严重的，多发性肾结石首先要看结石的大小和位置，如果结石很大或者卡在了输尿管等地方是可以造成肾积水的，严重的还会对肾脏功能造成伤害，所以肾结石是需要引起重视的。
多发肾结石，通常说明肾脏的结石较多。肾盂内的结石数量大于3个，就可以诊断为多发的肾结石。多发的肾结石通常会引起明显的临床症状，主要表现为腰部疼痛以及血尿等症状。首先还是应该要通过体外震波碎石或者是输尿管镜激光碎石把结石粉碎了以后，再口服排石药物才能够彻底的将多发性的结石排出体外。
要明确结石形成的原因，如长期不能规律饮水、久坐或者有憋尿的习惯，要改掉这些不良习惯。其次，到医院救治，如两侧肾都有结石，选择治结石较多的一侧，保留结石少的，目的是保存一定的肾功能。可以通过碎石治，也可以通过放入输尿管支架取石治。
一般情况下，有多发性肾结石应该注意调整饮食、适当运动等方面，具体内容如下：
1.调整饮食：如果患者患有多发性肾结石，患者应注意调整饮食结构，要做到饮食平衡，要尽量避免吃高嘌呤、高钙、高草酸等食品，以免加重病情。
2.适当运动：患者可以适当进行运动，可以通过跳绳、爬楼梯、跑步等方式来帮助体内的结石排泄。
双肾多发性结石不严重，肾结石是尿酸盐，草酸盐，钙盐在肾脏的沉积形成的，平时注意多饮水勤排尿，或者口服排石类的药物，都可以预防肾结石。出现的双肾多发性结石，可以经常做跳跃运动，或对肾盏内结石行倒立体部位以及拍击动作，也有利于结石的排出。