腱鞘囊肿部分可以自愈，有一部分严重的不能自愈。
肌腱囊肿与腕部的过度疲劳、或是长期患有关节炎等相关的病症有关，其中腱鞘囊肿与其它的病症相比具有自我修复的趋势，一些不需要进行有效的处理就会自行消失。腱鞘囊肿并不是特别的严重，可以通过推拿来减轻肿痛。如果病情加重，并且腱鞘囊肿过大后很难恢复，并且会造成更大的损伤。
因此，如果是不能自行消失的腱鞘囊肿，可以通过针灸和外科的方式来进行，而外科治疗通常是用于针灸来解决无效的。
一般来讲，宝宝的腱鞘囊肿可以自己愈合，要多休息，尽量不要给孩子做推拿和按摩，要让孩子的手指腕上多休息，尽量不做剧烈的运动。如有可能会慢慢变大，可用手指挤压，并在需要时做外科手术。小儿腱鞘囊肿是指在关节腱鞘中的囊性包块，虽然有自愈的可能性，但也可能不会自愈，还是应该及时就医通过物理疗法、手术等方式来治疗。
腱鞘囊肿不会自愈，需要及时在医生指导下进行治疗，具体分析如下：
腱鞘囊肿是一种囊性肿物，是在关节腱鞘中出现的，通常是因为长期劳损，导致滑膜腔中的滑液增加，最后形成腱鞘囊肿。腱鞘囊肿未经过任何治疗，一般会逐渐变大，也有少部分病人会受到外力的压迫，造成囊肿破裂，包块消失，临床症状减轻。但是由于囊壁还在，这个囊会在将来重新生长。所以在这种情况下，腱鞘囊肿要想完全根治，还是要进行外科手术，将囊壁完全切除。
手腕腱鞘囊肿会自愈。当囊肿部位不经意的外力作用后，会导致囊壁破裂，囊液溢出，最终囊壁发生黏连而自愈。在临床上关节附近的腱鞘囊肿，会随着关节的活动逐渐增大，但通常不会超过2cm，当囊肿增大后会明显影响关节的活动，关节周围出现酸痛症状。
是不会自愈的，婴儿出现腱鞘囊肿不可能会自己吸收或者消失的。但是可以用挤压的方法把囊肿挤破，从而把里面的液体挤出来等组织吸收之后，那么囊肿会缩小，但是要令整个囊肿的包膜去除，必须要考虑手术完整的切除才行，如果通过击破的方法通常有可能会复发。