在使用激素过程中可能出现一些副作用。短期系统使用糖皮质激素可出现：情绪改变、神经过敏、高血糖、痤疮样皮损、胃肠道不耐受、食欲增强、失眠、月经改变、水钠滁留、体重增加等。
糖皮质激素是一种很强的非特异性消炎药，在急性痛风性关节炎初期使用，可减轻关节腔内渗出、水肿、充血、白细胞吞噬反应等，可迅速减轻关节的红肿热痛等症状，还可减少局部黏连和结缔组织形成，但不良反应大，故在痛风性急性关节炎发作，首先使用秋水仙碱或非甾体抗炎药。
糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
糖皮质激素的副作用有如果使用的剂量太大、使用的时间太长，就会造成身体水肿、无力、多毛、以及还会引发糖尿病和高血压等。糖皮质激素会引发或者是加重感染，这种药物能够降低身体的抗感染能力，让细菌更容易繁殖、生长和扩散。
糖皮质激素是维持生命所必需的物质，体内主要的糖皮质激素是氢化可的松，每人每天平均分泌15毫克。糖皮质激素主要影响碳水化合物代谢，在一定程度上激素也影响蛋白质和脂肪代谢，促进蛋白质分解并抑制蛋白质合成。
糖皮质激素副作用主要表现有向心性的肥胖，出现满月脸、水牛背、痤疮、多毛、高血钠和低血钾、高血压、水肿、高血糖，还有糖尿病加重、肾上腺皮质功能减退，甚至萎缩、闭经、肌肉消瘦、无力、骨质疏松、股骨头坏死和精神症状等。