泌尿系结石形成因素目前尚未完全明确，原因比较复杂。与生理结构形态异常，局部梗阻，尿流缓慢有关，比如输尿管曲折越多尿流约缓慢，越容易积累泥沙样结石。尿液中的有机物以及盐类浓度异常也有关。感染也是结石形成的另一个因素。与环境因素也有关，比如长期出于高温多汗。饮水不及时也是一个因素。同时结石形成也与种族遗传因素有关。
形成尿结石原因的原因是，泌尿系统解剖异常：肾小管扩张、先天性肾盂输尿管连接处狭窄。肾盏膀胱憩室、输尿管狭窄、马蹄肾等。还有体内代谢异常如高尿酸、高胱氨酸血症、高钙血症、甲状旁腺功能亢进等。
尿路结石形成的原因有很多，尿路结石的形成跟饮食习惯环境，因素职业因素等有直接的关系，饮食中还有较多的钙质成分，引起尿液中钙盐，结晶的形成引起尿路结石，长期在高温环境下作业由于体内水分大量蒸发很容易引起形成。
是由体内或肾内代谢异常紊乱引起的，如甲状腺功能亢进，特发性尿钙症引起的尿钙升高，痛风时尿酸排泄增加，以及肾小管酸中毒时磷酸盐大量增加等。形成的结石多为尿酸盐、磷酸盐、胱氨酸盐以及黄嘌呤结石等。
尿结石是由于一些细小的石头沉积在泌尿系统而形成的。这些石头往往为钙盐结晶、磷酸盐结晶、碳酸盐混合物而成。大小在几毫米至几厘米之间，尿结石如果存在输尿管部位成为输尿管结石，输尿管结石有可能会影响小便排泄，从而出现肾积水。尿结石如果长在肾脏部位称为肾结石。平时喝水少，喜欢喝咖啡和茶叶水的人群，更加容易形成尿结石。