眼皮上长了扁平疣，眼皮的皮肤比较薄弱，因此不适合用液态氮体冷冻治疗。可以用二氧化碳激光烧除，也可以考虑外用药物治疗。但是应注意刺激作用，只能在皮损上涂抹，正常皮肤不能涂抹。
眼睛上长扁平疣是由病毒感染引起的，具有传染性，可通过如下方法改善去除：
1.眼皮上肉皮比较薄不建议做激光或者冷冻，可以用药物治疗。
2.可以外用他扎罗丁凝胶或阿达帕林凝胶在伤口上涂抹，或用0.5%的鬼臼毒素酊点涂于扁平疣的地方，而非正常皮肤。
3.可以服用病毒灵、异维A酸胶囊、牛羊肉、鱼虾等食物。
4..在日常生活中尽量不要搔抓，个人卫生用品要和别人分开使用，以防发生感染。
扁平疣长在眼皮可以考虑冷冻、激光、电灼、刮除。眼皮长扁平疣是眼皮感染人类乳头瘤病毒引起的良性赘生物，典型皮肤损害为米粒到黄豆大小的扁平隆起性丘疹，圆形或椭圆形，表面光滑质硬，正常肤色或淡褐色，数目较多密集，多可以自行消退。如果扁平疣不严重，可以使用外用药膏。如果长在眼皮上的扁平疣非常严重影响了美观和日常的生活，时候应该去医院采取激光去除的方式。
眼皮部位出现扁平疣，要及时治疗，否则可能会对眼睛功能造成影响。扁平疣较其他皮肤病不同，其可突然消失，且没有任何疤痕组织残留，所以生长位置尚可，且没有任何异常情况，一般不用处理。
常规去除方法有激光冷冻等办法以及外用茶剂这些方法。只能去除疣体。扁平疣是由病毒引起的，单纯的去除疣体对清除体内病毒没有什么意义，不去根。目前有一种技术（DNA生物序列重组疗法）一周左右可以去除掉，费用也便宜。
一般情况下，下眼皮长扁平疣可以通过药物治疗、生活护理等方式进行改善，具体内容如下：
下眼皮长扁疣，如果影响美观，并且出现瘙痒等情况，建议到医院皮肤科进行治疗，通过激光或冷冻等方式进行治疗。术后要注意日常的局部消毒，防止感染。平时要多吃一些清淡、容易消化、维生素含量高的食物，多吃一些新鲜的水果和蔬菜。不要吃辛辣刺激性的食物，也不要吃鱼、虾、海鲜、螃蟹等容易引起过敏的食物。