如果有扁平疣，可通过以下药物治疗：
1.可以服用重组人干扰素α-2b凝胶、咪喹莫特软膏等调整免疫力的药物；
2.还可以选择维A酸乳膏、他扎罗丁凝胶、阿达帕林凝胶等维甲酸类的药物。外用药渗透性、吸收性都比较差，而且皮损比较多；
3.可以通过激光、电灼等物理疗法来进行；
4.免疫功能低下的人容易得扁平疣，所以可以服用一些可以提高免疫力的药物，例如转移因子胶囊。
脸部扁平疣用水杨酸软膏、维A酸软膏、咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等可以去除。
扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，多发生在面部、手背及前臂等，主要表现为扁平小丘疹，一般没有自觉症状。如果患者出现瘙痒症状，可以遵医嘱使用水杨酸软膏、维A酸软膏、咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等药物治疗。
扁平疣用咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等药膏去除，用药应谨遵医嘱。
扁平疣是由人乳头瘤病毒（HPV）感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，多发生在面部、手背及前臂等部位，其损害往往是数目较多的扁平小丘疹。患者可以在医生的指导下使用咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等药膏进行治疗，这些药物均为皮肤用药，能有效去除扁平疣。
扁平疣实际上也是由于病毒感染而引起的一种皮肤疾病，单纯的使用药物治疗是没有什么很好效果的。脸上有扁平疣可以去医院做激光，冷冻，手术等方式去除，去除后还需要进一步的使用抗病毒的药物，这样才能够有效的防止扁平疣的复发。
扁平疣吃中药没有效。扁平疣；乳多空病毒引起的表皮良性赘生物，常见的皮肤病，可自愈也可复发。治疗可用2.5％5-氟脲嘧啶软膏涂疣面、抗病毒和免疫促进剂治疗.如盐酸吗啉呱，左旋咪唑，肌注聚肌胞.用中药红花适量泡水喝有一定疗效。
一般情况下，扁平疣在医生指导下抹米奎莫特软膏、鬼臼毒素软膏等药膏有效，具体内容如下：
扁平疣是由乳头瘤病毒感染造成的，具有很强的传染性和复发性，现在没有专门的药膏来治愈这种疾病，通常可以在医生指导下使用干扰素凝胶、米奎莫特软膏、鬼臼毒素软膏等进行治疗，也许较为有效，但也不能起到彻底根除的作用。还可以在医生指导下通过服用转移因子口服液、胸腺肽肠溶胶囊等提高免疫力的药物辅助治疗。