乳腺囊肿可以通过手术或病理穿刺来治疗。
由于乳腺囊肿是乳腺的良性肿瘤。通过手术切除，是可以完整的切除，不会引起复发或其他病变。而穿刺治疗适用于不宜手术切除的病例，也是有治疗作用的。
建议患者在日常生活中注重个人的饮食，不要食用生冷、辛辣等食物，多吃新鲜蔬菜，饮食清淡，禁烟禁酒，注重锻炼，保持愉悦心情。
乳腺囊肿包括中医治疗、激素治疗以及手术治疗。1.中医中药治疗，乳腺囊肿是慢性病，内分泌失调严重，病变组织对药物敏感性差，囊肿消失就慢，需要中药长期治疗。2.激素治疗，通过调整体内激素水平，达到治疗的目的。3.手术治疗：单发和较大的囊肿确诊后应将囊肿周围部分增厚的腺体组织一起切除，标本应送病理切片检查定性。多个或弥漫性囊肿，在保守治疗无效的情况下，应及时进行手术切除。建议到乳腺内科进行检查，在医生的指导下选择合适的方法治疗，平常注意休息，多吃蔬菜和牛奶，避免生冷刺激性食物。
去除乳腺囊肿的方法主要有服药疗法和手术疗法两种。
一般来说，乳腺囊肿还没有2cm的时候，可以考虑使用药物进行治疗,用中药或者中成药都是对较好的，当乳腺囊肿到达2-5cm时候可以采用抽取囊液的方法进行治疗，当在乳腺囊肿大于5cm时后,可以采用微创手术的方法进行治疗。
建议患者需要规律生活，保持心情舒畅，养成良好的运动习惯。
乳腺囊肿严重时还会发展为乳腺纤维瘤，要定期复查，积极配合医护人员，平时要注意不能高度紧张，不能有太大的压力，保持良好的心情，饮食方面要以清淡为主，避免生冷辛辣刺激性的食物。
如果是大的囊肿，一般是抽吸，把囊液抽掉就可以。以前是用注射器来抽取得。现在用超声下定位来做囊肿穿刺，是可以看得到整个囊肿里面的积液都完全抽除，然后囊壁会闭合在一起，这样它的复发概率就会比较小。
乳腺囊肿来可以通过外科手术的方式，将囊肿取出进行病理学化验，因为乳腺囊肿在绝大多数的情况下都是良性的病变，一般没有太特殊的问题，但是这也不排除在某些恶性变的情况下造成的不良反应。