由于烂牙根内长期有感染或病原刺激物存在，根尖周围组织会呈现慢性炎症反应。根尖逐渐形成肉芽组织，根部的牙槽骨遭到破坏。由于根尖的肉芽组织内含有发育期留下的剩余上皮，当上皮团块中心缺氧时，上皮会发生坏死液化，进而形成囊腔，最终形成囊肿。所以当烂牙根不起作用的时候，要及时拔除，以免形成囊肿。在身体免疫力低下时烂牙根尖的致病细菌数量和毒力会增大,导致疼痛加剧,感染扩散到面部软组织间隙内,使面部肿胀、疼痛,还会引起菌血症。建议尽早去正规医院拔除，拔牙后勿用舌头舔触创口，更不宜反复吸吮，以防止出血，另外可以用生理盐水漱口，注意口腔卫生。
残留牙根不拔除会影响新牙的生长，同时还会滋生细菌造成感染引发牙疾病。牙齿剩下残根，牙齿的髓腔、根管就暴露于口腔的有菌环境之中，细菌可以通过根管而到达根尖，形成根尖周围炎，使牙齿成为病灶牙，引起口臭，身体抵抗力弱时，还可以引起全身的其它疾病，可以引起胃炎，严重的可以引起心脏病。残根继续发展，不断剌激粘膜，口腔粘膜甚至可能恶变，有形成口腔癌的可能。残根不能利用时，只有尽快拔除，才对身体有利。拔除后要在三个月时及时镶牙修复，以免造成牙间隙变大，或者两边的牙向缺牙处倾斜。
如果牙根情况尚好，控制炎症后，可以在根管内打桩，上面做假牙修复。如果根尖情况不好，牙根长度不够，就必须要拔除，牙冠缺失，剩下的牙根又叫做残根，平时还是需要注意口腔卫生。
残牙根拔了好，残牙根如果不拔的话，可能会导致出现炎症，还可能引起牙龈又肿又疼的现象。造成住院的原因有很多，一般是由于经常爱吃一些甜食，不注意口腔的卫生，不刷牙就会造成蛀牙，引起牙齿疼痛的现象，所以在日常生活中一定要注意口腔卫生的清洁。
牙齿根尖周炎经根管治疗可得到有效控制，根尖炎症在根管治疗后得到控制。然而还有一部分病人牙根尖炎无法控制，很可能牙根发生了局部折裂，在此情况下才会拔牙。
如不拔牙，轻症脓包反复形成，反复发作，该处有部分炎性物质分泌。
严重者，久治不愈可形成颌骨囊肿、颌骨囊肿范围有大小之分、小者尚可、仅波及到牙、拔之即可。
在临床中，还会遇到部分颌骨囊肿较大，有可能不知波及边几颗牙，这类患者除手术外，还需对波及的牙进行根管治疗，因此发现牙根尖周炎需及时求医诊治。
当牙根长度较长，根体坚固且根尖没有炎症的。如果周围牙槽骨没有吸收，牙龈健康的情况可以考虑保留。如果牙根有明显的炎症，根管治疗的效果会很差，此时就考虑拔除，因为它在局部可能会称为感染的因素。