牙龈囊肿的治疗原则是手术治疗。牙龈囊肿是良性肿瘤，良性肿瘤的治疗原则是手术切除，所以有了牙龈囊肿，就可以手术切除。手术方式是沿囊肿的包膜进行剥离，将囊肿完整摘除。
牙龈囊肿引起癌变的可能性很小，但是也应尽快清除顶端囊肿引起的不适，去除囊肿后，必须尽快治疗根尖炎症，注意保持口腔清洁卫生，早晚刷牙，饭后漱口，定期清洁牙齿，龋齿和其他不适，必须尽快及时治疗。
牙龈囊肿是胚胎发育过程中的牙板上皮或龈上皮剩余由于外伤等因素刺激，发生病变形成囊肿，好发于下颌尖牙、前磨牙区牙龈，需局部手术切除，较少复发。术后需要抗炎对症治疗，局部冰敷，保持口腔清洁，防止术后肿胀、感染，一周以后可以拆除缝线。
牙龈一般是不会发生囊肿的，如果在牙龈处发生了囊肿，一般是根尖周囊肿。由于根尖周囊肿过大，导致牙齿唇侧的牙槽骨壁缺失，呈现出囊肿的样子。治疗根尖周囊肿，主要的方法就是首先对患牙进行根管治疗。
皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
囊肿不会癌变，但有些癌在病变过程中会长成囊肿。囊肿的囊壁是一层膜状结构，其内皮有分泌功能，能分泌浆液，如腱鞘囊肿、肾囊肿等，这些囊肿是良性病变，不会癌变。而在一些癌性病变，当肿块中间发生缺血坏死，坏死组织液化并被包裹，形成囊性结构，或一些恶性病变中具有一定的分泌功能的癌细胞逐步增长，形成囊性结节，就是癌性囊肿，如粘液囊腺癌。
