微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
肛瘘一般自己不会好，要进行手术治疗。急性炎症期或慢性复杂性肛瘘，可伴有全身症状，如发热、贫血、消瘦和食欲不振等。肛瘘的治疗以手术为主。肛瘘一旦形成就没有自愈可能，具体多长时间好主要还与肛瘘轻重有关。
效果好，如果有些高位肛瘘只能通过手术治疗，主要目的是保护肛门括约肌的功能，或者注意术后及时换药。应注意保持创面清洁，饮食中多吃新鲜蔬菜和水果，养成定时排便的习惯，避免坐太久，尽量少吃辛辣刺激的食物，防止肛瘘复发。
多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。
对肛瘘疾病进行微创手术操作，费用会相对比较高一些，大概是6千元-8千元不等。这是因为肛瘘微创手术操作，对患者肛门部位的创伤性比较小，伤口容易愈合，愈合时间也较短，但是手术操作难度相对大一些，所以费用会增高。