可能是患儿在出生时经过产道，被母体产道内的真菌感染引起。也有可能是患儿体质较弱时被真菌感染引起。还可能是口腔的真菌感染引起，包括患儿咬乳头吃奶、咬玩具，或接触餐具。
马牙和鹅口疮的区别临床表现不同，时间不同，病因不同。马牙是由于牙釉质异常堆积在牙龈表面，形成硬包块。鹅口疮是口腔的白色念珠菌感染，主要位于口腔的非咀嚼黏膜。马牙主要是出生的时候就可以看到。鹅口疮不是儿童出生的时候就有。马牙是在口腔内牙龈长牙的部位，会摸到硬的包块，比较硬，类似于牙齿组织，触碰的时候不疼。鹅口疮位于其他口腔黏膜，在口腔黏膜上有白色斑块，用手刮白色可以刮掉，黏膜有鹅口疮的部位比较疼。
鹅口疮是由白色念珠菌引起的真菌性口腔炎，奶垢多为奶渍残留，常常出现在宝宝的舌头上，鹅口疮和奶垢比较相似，但奶垢一擦就能擦掉，鹅口疮却不行，而且碰到了宝宝就会疼痛哭闹，可以凭此区分。
鹅口疮与口腔溃疡最大的区别是病因，鹅口疮的病因是口腔真菌感染引起，主要的致病菌是念珠菌，而口腔溃疡是多种因素引起，而最主要的因素可能是，由于创伤或者身体抵抗力低下，也有可能是由于，出现维生素及微量元素的缺乏引起。
宝宝患鹅口疮时，需要做局部的护理。通常可以使用2%的碳酸氢钠液给宝宝涂抹口腔，或者家里边配置小苏打水，用棉签蘸好涂抹宝宝口腔也可以。另外，也可以使用制霉菌素鱼肝油混悬液做口腔护理，与碳酸氢钠液之间间隔开即可。奶瓶、餐具、玩具也需要及时的做好消毒工作，这样能够避免鹅口疮会反反复复出现。
鹅口疮是由白色念珠菌感染引起的，在口腔黏膜表面形成白色斑块，是婴幼儿口腔常见病，鹅口疮的临床表现为乳白色，口腔黏膜上有轻微突起的斑块，类似于牛奶，除了散在舌侧壁口腔粘膜上的病变外，舌苔是舌上均匀分布的一层白质，与鹅口疮的乳白色膜斑完全不同，不难辨认。