如果是慢性上颌窦炎，想要根治，就是手术治疗。因为慢性上颌窦炎主要的病因就是上颌窦口被炎症堵塞，导致上颌窦内炎症分泌物长期淤积，引起炎症。因此慢性上颌窦炎必须要通过手术来开放上颌窦的开口，让上颌窦内储留的分泌物能够排出。手术才是治疗慢性上颌窦炎的根治的方法，术后的随诊也非常重要。如果手术过后不能按时复诊，可能会导致上颌窦口，再次堵塞，引起慢性上颌窦炎的复发。
可以用消炎的药物及促进鼻腔黏液稀化、排泄药物治疗，鼻腔用生理盐水清洗，鼻用激素类鼻喷雾剂喷鼻。上颌窦炎是上颌窦黏膜的急、慢性化脓性炎症，伴有多窦炎症或者全组鼻窦炎症，单窦炎症也可存在，单窦炎症以上颌窦炎为多见。
上颌窦炎症的危害很大，上颌窦的急性以及慢性炎症均可以扩散到邻近的组织以及器官，比如眶内、颅内等处。还可以沿着管道发展进入咽鼓管，传到中耳引起中耳炎或向下行走，影响呼吸道以及消化道，也可以变为脓毒血症。
可以手术治疗。轻度上颌窦炎是药物治疗，如果严重的情况下会建议进行鼻内镜下的微创手术治疗。上颌窦炎治疗分急性和慢性。感冒造成的急性上颌窦炎可以通过抗炎治疗。
双侧上颌窦炎局部的治疗，是促进鼻窦通气和引流，可用有血管收缩和粘膜消肿作用的药物加入各种消炎抗感染的药物滴鼻。也可以局部热敷、红外线照射，以利促进血液循环的改善。必要时，可作上颌窦穿刺手术，洗除上颌窦腔内的粘液脓涕。再注射各种抗菌药物，穿刺无效的，可做上颌窦手术，清除上颌窦腔内的各种病变组织，改善它的通气及引流情况。
牙源性上颌窦炎需要口腔科以及耳鼻喉科同时配合治疗。先到口腔科就诊，由口腔科对这颗牙齿进行根管治疗，主要是彻底的清除根管内感染的物质，消除引起上颌窦炎的病因。进行根管治疗以后，可以观察2-3周左右，牙齿本身并不存在叩痛了之后，到耳鼻喉科就诊，进行上颌窦的手术，彻底的刮除根尖的炎症，这样就可以完全的治愈上颌窦炎。