肛周湿痒：由于脓液刺激，局部潮湿、瘙痒，可见湿疹样改变；排便不畅：见于复杂性肛瘘，肛管纤维化狭窄。有肛管直肠周围脓肿史，管道外口有反复溃破流脓的特点，有间断性肿胀、疼痛；癀口溢脓：脓液稀薄，或多或少，时有时无，或排气，或有粪便流出。急性炎症期溢脓较多，脓稠浊带有臭味，伴有发热。
轻微肛瘘临床表现是常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻，大部分病人可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛瘘常见的症状主要是肿痛，脓液积聚在管腔，引流不畅时会出现局部红肿，疼痛，脓液流出以后疼痛会逐渐的减轻，还会流脓，往往是周期性的发作，大多是在饮酒后，肛门瘙痒，由于反复的流脓会刺激肛周的皮肤，引起肛门瘙痒或者肛周湿疹。
肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
肛瘘早期主要症状表现为局部的红、肿、疼痛以及发热。典型症状以反复发作的局部红肿、破溃、流脓为主。多数病人早期感觉肛门周围出现脓包，部分病人误以为痔疮没有引起重视，延误病情，导致肛周红肿范围扩大，形成肛瘘。肛瘘不能自愈，常需手术治疗。病人出现肛门周围肿痛、破溃、流脓且反复发作时，应立即到专业医院就诊治疗。
肛瘘的临床表现常有排便困难、狭窄、贫血、身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。继发感染时有不同程度的体温升高等全身症状。脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。