导致女性胚胎停育的原因是非常复杂的，而男子精子畸形是导致胚胎停育的常见因素，其次，男子染色体异常也可引起胚胎停育。如果发生胚胎停育的情况不能只让女性做检查，而应该让男性同时进行检查。
胚胎停止发育可能跟男性精子质量差有关系，常见原因有染色体异常、免疫功能不全、内分泌功能紊乱、子宫内环境异常、遗传性血栓形成倾向、全身感染性疾病等女性危险因素、精子成熟障碍等男性危险因素、环境不良等因素。
如果是在妊娠早期，多为胚胎本身质量的不好，或者受精卵结合是偶尔的染色体变异，或者自然的优胜劣汰。如果是在顺利着床，正常发育的过程中，是胚胎发育的问题，或者是受到外界影响的可能。
如果是由于弱精症，会对精子的品质造成一定的不良影响，与胚胎停育之间有关系。
如果精子的品质不佳，会与卵子的结合后，容易造成受精卵的品质下降，会造成胎儿的发育不良。如果胎儿发生了胚胎停育，建议及时进行清宫手术，以避免流产。平时可以多食用鱼类、奶制品等富含蛋白质和精氨酸的食品，以改善精子的品质，必要时应该就医检查。
胚胎停育应该及时的去医院做相关的检查，明确病因对症治疗。因为是有生殖内分泌原因，是黄体功能不全，多囊卵巢原因有关系的，也会有男性的精子质量。还有子宫和卵巢功能问题，子宫大小是否有异常，异常的细菌性感染或者衣原体问题。