针对肾结石，肾囊肿的病人，具体怎么办还是要根据具体结石的病情以及囊肿的病情来决定具体的治疗方法。
要给患者做彩超，CT及其他检查以明确肾结石具体情况和肾囊肿大小及其他病情。在这些方面都要根据患者实际的病情进行具体的分析，这样才能够制定出相应的方案。通常情况下，肾结石如体积较小，梗阻轻者可采用某些药物处理，许多患者都能以保守方式排出结石。如结石的体积较大，也许有必要用手术方法清除肾结石。在临床中通常会选择肾穿刺取石和经皮肾镜取石术这两种方式。肾囊肿通常都属于良性疾病，如体积小患者无症状，然后就能定期观察了，若囊肿超过四厘米，或认为囊肿可能恶变，则应积极手术。
可以先做腹腔镜肾囊肿手术，然后再做体外碎石或输尿管软镜碎石术。可以进行体外碎石进行手术治疗。肾结石合并有肾囊肿治疗上需要根据结石与囊肿大小综合考虑。
肾囊肿是肾脏的一种常见疾病。目前肾囊肿形成的机制还不太明确，但认为与肾小球憩室的形成有关系。单纯的肾囊肿没有明显的症状，当肾囊肿增大到一定程度出现压迫输尿管而导致肾积水症状，或者影响肾功能是需要处理。可以去医院完善相关检查，再确定进一步的治疗。
肾囊肿是多发性良性肿物，生长缓慢，不用紧张，囊肿很小，注意观察。每年定时复查肾脏彩超观察囊肿大小及肾脏功能指标。肾结石只要不疼痛，一般不需要治疗，平时要多饮水。
如果囊肿比较小，还有就是单发，一般问题不大的，但是如果比较大，然后这个可以压迫肾组织，然后引起这种肾皮质髓质缺血导致血肌酐升高等。观察就可，不必做太多处理，肾囊肿只有在体积很大引起临床症状和影响肾功能时才需要处理。
通常，肾结石、肾囊肿，不会对怀孕造成影响，但怀孕后，如肾结石或囊肿伴感染或疼痛等，也许会影响妊娠。因此，若患者孕前检查查出肾结石或囊肿，仍建议患者做细致检查，若结石能够在孕前得到治疗则为最佳。
孕期如有肾结石落入输尿管内，导致肾绞痛或频繁重复的泌尿道感染，对于怀孕有一定的影响，有些人甚至可引起流产，连死胎也会发生。肾囊肿通常对于怀孕会有较低的影响，但亦有部分可并发感染，会导致发热，这类患者孕前还需有所防范，减少疾病对身体的危害。