治疗巧克力囊肿不一定要切除卵巢，需要根据病人的具体情况来定。巧克力囊肿是女性患有子宫内膜异位症的一种病变，巧克力囊肿的发生主要是由于女性在月经期间出现子宫壁脱落出子宫内膜碎片引起引流不畅，导致经血不能完全从阴道排出，有少量的经血经过输卵管向盆腔倒流，从而发生血瘀，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿。
卵巢巧克力囊肿是一种疾病，具体分析如下：
卵巢巧克力囊肿是因为子宫内膜异位在卵巢深处，经血无法及时排出，从而滞留在卵巢中，形成了一个囊肿，这种囊肿一般都是巧克力糊状，也就是所谓的卵巢巧克力囊肿。卵巢巧克力囊肿是由于子宫内膜异位所致，会出现痛经、月经紊乱等情况，甚至会出现不孕的情况。卵巢巧克力囊肿的治疗方法有两种，一是保守治疗，二是手术，如果病情不是特别严重，可以口服激素类药物。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
过早切除卵巢，会降低妊娠的机率；由于女性激素的缺失，会导致更年期提前、提前绝经。若在绝经前后切除卵巢则影响很小。临床上因为病情需要、情非得已，否则是不会行卵巢切除术。卵巢是一个性腺器官，是产生并排出卵子，并分泌女性激素的器官。女性的雌激素、孕激素主要由卵巢内卵泡发育过程中分泌。用以维持女性的性征及维持生育。
巧克力囊肿并不需要切除子宫和卵巢的，只是做好囊肿摘除手术就可以了，子宫对于女性身体的重要性是很大的，不能轻易的切除，这样是会影响到身体健康的，这一点是不能有任何的忽视的，检查工作，一定要做好，以减少风险性，术后的复检也是需要做好。
巧克力囊肿术后是可以正常怀孕的。卵巢巧克力囊肿切除术后，应该定期进行超声检查，巧克力囊肿有复发的可能。一般三个月或是半年如果没有异常，就可以备孕的。手术可以采用微型电子腹腔镜下卵巢囊肿剥离术，是治疗卵巢囊肿较好的技术。