胚胎停止发育的原因有很多种，孕早期胚胎停止发育的原因主要有胚胎染色体异常、黄体功能不全、甲状腺功能减退、免疫系统异常等。孕中期胚胎停止发育的原因主要有:子宫解剖结构的异常、免疫系统异常以及血栓前状态等。
出现胚胎停育的原因很多，可能是遗传基因异常，接触到了有辐射的物质，孕激素水平过低无法支撑胚胎的正常发育等。一般胚胎停育以后不会立刻出现流血的症状，孕妇是不能很快察觉到的，胚胎停育一段时间以后会有腹痛等感觉，死胎在孕妇体内会对子宫造成很大的伤害，所以一旦发现就应该尽快取出。
胚胎停育的原因有很多，如内分泌失调、免疫因素、子宫异常、染色体异常、生殖道感染、环境因素等。详细检查，如染色体、阴道分泌物、性激素、子宫内膜检查，明确病因后才可对症治疗。
胚胎停育有三种因素1.遗传因素为最主要的因素，与胚胎染色体异常有关。2.父母年龄父母的年龄较大为胎儿停育的主要危险因素之一。3.妇科因素孕妇子宫畸形、盆腔感染、患免疫相关疾病，也是主要的危险因素之一，既往自然流产史、不孕及辅助生殖、孕期药物使用、孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料、肥胖、甲状腺功能不全等也是危险因素，可导致胎儿停育的发生。
胚胎停育的主要原因，有三个方面：精子质量差。卵子质量差。胚胎质量差，在母体内没有得到良好的生长环境。精子质量不好的原因，主要有精子畸形率较高，不成熟精子的比率较高，精子DNA碎片指数较高。卵子的质量较差，形成胚胎以后在母体内，由于母体情绪抑郁，烦躁，抽烟，喝酒。