分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤术后是需要吃药的，因为术后也是会有一定转移的复发几率，为了把转移和复发率降到最低，所以术后需要用药，中度风险的患者吃药的时间在一年左右，如果是高度复发风险的病人可以吃三年以上。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃肠道间质瘤预期生存时间存在个体差异，与其恶性程度、生长部位、治疗方法、治疗效果有关。肿瘤发生在胃、食道者，治疗效果较好，10年生存率能够达到70%以上；肿瘤发生在小肠部位，治疗效果较差，10年生存率仅为17%左右。
首先要知道胃肠道间质瘤化疗效果不是很好，而且还容易复发，那么它的平均寿命可以在十九个月左右的。对于晚期复发转移的一个间质瘤患者可以靶向治疗，平均寿命可以长达五年左右，对于远组织肿瘤，术后一个月左右可以恢复。但是如果涉及肿瘤比较大血管置换，骨骼重建需要三到六个月，甚至有九个月的时间，另外有些还涉及到肠道的一个切除两个月才能恢复，大部分患者在两个星期左右能够恢复。
胃肠道间质瘤患者的饮食选择原则注意饮食卫生及饮食规律，选择营养价值高、细软、容易消化的食物。不要吃油煎、油炸、半熟之品及坚硬食物，因为这个既难于消化，有刺伤胃腔的弊端。