最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。注射硬化剂的目的是肾囊肿的囊内形成粘连、硬化，这样可以迫使该部位不再出现积液形成囊肿的。一般有人选择药物治疗，但是对于肾囊肿，药物治疗的效果一般都不好，所以最佳的治疗方式还是采取肾囊穿刺抽液的操作。
肾囊肿一般发病比较缓慢，多见于中老年人，主要是年龄偏大以后出现身体机能的下降，而在肾脏的皮质或髓质形成了憩室，液体积聚在内行成了囊肿。对于它的最佳治疗方法可以采取穿刺抽液，抽液以后注射硬化剂。
肾囊肿穿刺硬化术，主要是对于内生性肾囊肿，外凸不明显的患者，另外对于全身情况较差无法耐受手术治疗的患者。囊肿穿刺硬化术多在超声或CT引导下进行，穿刺针进入囊腔后抽出淡黄色囊液，抽吸干净后注入无水乙醇5-20ml，对于酒精严重过敏者禁忌。还可以做腹腔镜肾囊肿去顶术，适合囊肿体积较大，外凸明显，无手术禁忌的患者。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
肾囊肿通常海绵肾无需进行治疗，多囊肾会演变为尿毒症，无较好的治疗方法。如果出现多发囊肿或普通囊肿，在排除肾癌的前提下，如果囊肿超过5cm，可以进行手术治疗，比如使用腹腔镜进行治疗，不会复发，预后较好，如果囊肿小于5cm，做手术可能会导致出血，不进行手术治疗。
双肾囊肿采用什么样的治疗方法，是取决于囊肿的大小，当囊肿小于五厘米的时候，是不需要治疗的，定期复查就可以，对于5到8厘米的，可以治疗也可以不治疗，这得看患者的情况，但低于八厘米以上的囊肿，建议手术治疗。
