治疗主要得根据输尿管狭窄段的长短，以及狭窄的病因来治疗。如果输尿管的狭窄段很短，不超过2cm，比如肾盂输尿管连接部先天性狭窄，或者输尿管的膀胱入口处，因为各种原因导致的狭窄，狭窄段如果不超过2cm，可以进行腹腔镜下微创手术。
肾盂输尿管连接部梗阻需及早进行手术治疗。肾盂输尿管连接部梗阻分为原发性和继发性两种。原发性的多为先天性器官发育不良，继发性的与创伤、感染及结石等有关。
手术治疗，手术的原则是梗阻较轻，肾盂肾盏扩张不严重时，作单纯矫形手术，扩张明显者，应切除病变的狭窄段及过度扩张的肾盂，再作吻合术，更严重者作肾切除术。病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
开放手术取石术，目前开放手术只适合很少一部分病人，如无功能结石性脓肾、结石合并癌症，或微创技术治疗无效者。U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗。
发现儿童轻度肾积水，需长期密切观察，定期进行超声检查，根据肾积水变化，决定治疗方案，如3-6个月一次，若肾盂无明显变化，可改为至少一年一次，多数恢复良好。部分患儿肾积水可随生长发育逐渐加重。
手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。U100钕激光碎石，它通过仪器发出红绿两种波长的脉冲激光，精准定位结石后，安全高效地击碎结石，取石篮自动跟进取石并冲洗。