首先源于感染因素，比如长期肛瘘不进行治疗，反反复复发作形成多瘢痕，长期肛周脓肿反反复复发作，形成瘢痕后直肠失去弹性，也会形成肛门直肠狭窄。长期腹泻会引起括约肌痉挛，从而导致肛门直肠狭窄，另外肛裂也会引起肛门直肠狭窄。
肛门直肠狭窄的儿童，如果影响正常功能，可以按照医生的建议采取一些肛门扩张手术。平时，应该给孩子的腹部做顺时针方向的按摩，并适当饮用一些温水。母乳喂养的孩子的母亲也应该注意他们的饮食。他们应该多吃芹菜菠菜、黄瓜、苦瓜、鳄梨和火龙果，主要是含有更多粗纤维的食物。
轻度肛门直肠狭窄是可做保守治疗，可先吃润肠通便药物，同时采用中药外洗，由于炎症引起的，可用适量激素保留灌肠，还可进行扩肛治疗，使肛门逐渐扩大，若是严重，可采用手术治疗，平时可以适当进行缩肛训练。
孩子这种现象是属于粗纤维的食物较多，引起的胃肠道蠕动减弱导致的便秘，大便的时间越长，会变得越来越干燥，应该养成每天排便的习惯。肛门狭窄属于低位畸形，是胚胎发育后期，肛膜吸收不全或生殖皱襞过度融合，遮盖部分肛门。其狭窄的部位多见于肛管或肛门口，范围短，呈环形，又称肛门膜状狭窄。
如果是轻度的肛门直肠狭窄，就有可能会导致大便变细或者是呈扁状，主要就是由于粪便在直肠内停留过久发酵，这样就有可能会导致肛门狭窄。如果是属于中度的肛门狭窄，会出现排便困难，或者是排出少量稀的大便，也有可能会出现大便次数增多，或者是伴有脓血样以及粘液样的大便。