小儿在腹泻时多少都伴有肠道菌群的紊乱，可服用一些肠道微生态制剂，或肠黏膜保护剂。肠道微生态制剂和肠黏膜保护剂可以帮助缩短腹泻病程，效果良好。婴儿腹泻治疗方法具体还要看孩子的病情。病症重则需要去医院就医。
婴儿腹泻推拿的方法是按揉宝宝的足三里，以膝盖髌骨下方的凸起处为起点，向下四指宽胫骨外侧，用大拇指的指肚按揉这一点100-200下。也可以把手掌摊开，放在宝宝的腹部，逆时针轻揉50下左右，但一定要逆时针揉腹，顺时针揉腹则是调理便秘的。还可以让宝宝平躺在床上，用一手的食指、中指、无名指并拢，用三指指腹在宝宝腹部绕圈按摩。以腕关节连同前臂作顺时针或逆时针方向环形移动摩擦，每次3-5分钟。
反复腹泻不一定是肠癌。肠癌临床表现为拉肚子，也就是腹泻，血便，腹痛等，需要病理检查进一步明确诊断。而别的很多疾病也可以引起拉肚子，比如功能性胃肠病，结肠息肉，肠结核，肠易激综合征，小肠吸收不良，严重性肠病，溃疡性结肠炎等。可以通过相应的病史检查来进行鉴别诊断。另外饮食也可以引起腹泻。所以经常腹泻，可以完善检查明确诊断。
肠道内感染，可由病毒、细菌、真菌、寄生虫引起，以前两者多见，尤其是病毒。病毒感染寒冷季节的小儿腹泻80%由病毒感染引起。病毒性肠炎主要病原为轮状病毒，其次有诺如病毒、星状病毒、科萨奇病毒、埃可病毒、冠状病毒等。肠道外感染，有时引起消化功能紊乱，亦可产生腹泻症状，即症状性腹泻。
肠癌清晨腹泻是由于脾肾阳虚，脾主运化，肾主水，脾肾出现了阳虚则不治水，病人出现清晨就拉稀。并不能说肠癌病人一定都有清晨腹泻症状，清晨腹泻症状只能说清晨腹泻症状由于肠黏膜受到刺激引起来的。
宝宝长期腹泻可以采取日常调理、使用药物等方式进行治疗。
宝宝经常腹泻，主要是消化不良，或是进食了一些难以消化的食物引起的。可以在医生的指导下给孩子服用妈咪爱和益生菌，这样可以起到固肠止泻的作用，而益生菌可以调节肠道菌群的平衡。日常生活中要以清淡为主，避免食用过凉、易消化的食物，同时要有规律的生活习惯，避免暴饮暴食。可将手掌搓热，放在婴儿的小腹上，顺时针方向按揉，可促进腹部血液循环，减轻不适。