亚急性感染性心内膜炎的治疗方法主要有药物治疗和手术治疗。
亚急性感染性心内膜炎一旦确诊，早期应用足量的敏感抗生素是必要的，对患者全身症状或并发症的治疗也是必要的。
近几年还有外科手术。其主要治疗方法是使用靶向抗生素杀灭病原微生物。前期经验用药，后期要根据致病菌来调整。
治疗后体温恢复正常、脾脏缩小、症状消失者，在抗生素治疗结束后第1、2、6周进行血培养治疗。如果临床无复发，血培养阴性，可考虑治愈。
亚急性感染型心肌炎时，以草绿色链球菌为主，肠球菌、牛链球菌、表皮葡萄球菌是引起自体瓣心内膜炎的主要致病菌。有些是罕见的，例如真菌，立克次体和衣原体。肠球菌、革兰阴性杆菌、葡萄球菌、球菌是人造心脏疾病的主要致病因子。在静脉药物成瘾者中，以金黄色葡萄球菌最多，链球菌次之，革兰阴性杆菌及霉菌最多。具体的治疗方式需要遵医嘱，不要延误治疗。
亚急性感染性心肌炎中，最常见的是草绿色链球菌，D组溶血性链球菌（D-)，其中牛链球菌、肠球菌、表皮葡萄球菌比较常见，其它的都是罕见的。因多种传染病或微生物累积而造成的皮肤上的外伤，通常会引起暂时的菌血症。口腔外伤，多见于青霉素杆菌。胃肠道及泌尿路的感染及感染，通常会导致肠内球菌及格兰氏杆菌产生菌血症。
通常情况下，亚急性感染性心内膜炎是由细菌、霉菌及其它微生物所致。在进行抗生素治疗的时候，要注意进行细菌培养，选用敏感的抗菌药物。
对于亚急性感染性心内膜炎，如果使用抗生素无效，可以选择两种敏感的抗生素，例如氨基糖苷类和青霉素，或者连续口服头孢曲松片进行治疗，可以对草绿色链球菌的心内膜炎有很好的疗效。
检查确诊的是急性感染性心内膜炎的疾病，该疾病一般是细菌感染引起的，其中最常见的病原体是草绿色链球菌，先进行血菌培养加药敏的检查，根据药敏实验检查的结果选择敏感的抗生素治疗为好了。
感染性心内膜炎指因细菌、真菌和其它微生物直接感染而产生心瓣膜或心室壁内膜的炎症，有别于由于风湿热、类风湿、系统性红斑性狼疮等所致的非感染性心内膜炎。感染性心内膜炎典型的表现有发热、杂音、贫血、栓塞、皮肤病损、脾肿大和血培养阳性等。