手术治疗，手术预防感染用药5～7日。
皮样、表皮样囊肿为良性肿物，其与周围组织间有很明显的界限，所以手术很容易摘出，手术创伤很小，且本病非手术治疗无效，所以一旦诊断确立，应予手术治疗，切勿使用放疗或化疗，更不宜使用民间一些不明成份的药物内服外敷，少数并发感染者可先使用抗生素控制感染后再行手术治疗。
【治愈标准】
1.治愈：囊肿完整摘除，创口基本愈合；
2.好转：治疗后，囊肿尚有残留；
3.未愈：并发感染者行抗炎治疗或切开引流后，感染症状有好转，但未手术摘除囊肿。
一般情况下，口腔颌面部皮样表皮样囊肿的治疗，可以根据具体情况确定相应的处理方法。具体分析如下：
囊肿发生在口底颏舌肌上方，因大量的失血，造成咳嗽、阻塞，必须在局部麻醉下将粘膜切开，层层剥脱，露出包皮，再利用血管钳夹取囊壁，取出囊内的囊。若囊肿在颌面，可沿着表皮的肌层进行顺切，将皮下组织剥离，连同包块一起切除，对位缝线。若囊肿破裂，可以使用头孢或硝基咪唑等药物来抑制炎症，然后进行手术治疗。
外阴表皮样囊肿是一种发生于外阴内皮和皮下深部组织的圆形囊肿，多见于大阴唇或会阴部，可单发也可多发，临床生长缓慢，患者一般无特殊症状。如果患者不注意局部卫生，外阴部皮脂腺导管阻塞，分泌物储留积聚，腺体逐渐增大而形成感染，可引发外阴表皮样囊肿，一般不需要做特殊治疗，如果囊肿扩大或继发感染，可考虑采取手术切除。
皮样囊肿和表皮样囊肿，一般在眼眶眼科中的发病率相对较高，二者有所区别。
皮样囊肿是由胚胎期出现的异位增生组织形成的，其中包括了皮肤的附着物，例如头发，以及其它的结构，从而形成囊肿。如果是表皮样的囊肿，一般都是由表皮样组织组成，此时囊肿里面一般都是皮脂样的内脂物，也可以称为胆脂瘤。
如果无法分布两种囊肿，建议就医检查，明确病因后采取相应治疗。
卵巢皮样囊肿，是卵巢囊肿的一种，主要平时可见腹部一侧出现疼痛不适症状，需要经过B超检查就可以确定，对于治疗，卵巢囊肿的药物治疗作用不大的，一般不大的，小于4厘米的可以平时热敷腹部，并定期进行复查，如果进一步发展大于4厘米，或者胸椎已经超过4厘米的话，就需要进行手术治疗行囊肿切除术，这样有利于完全恢复正常的。
表皮样囊肿是一种良性的囊肿不会出现恶化，所以也是不用过于担心的，是可以通过手术的方式切除，这种囊肿类型也是比较常见的，所以自己也是不用过于担心的，建议可以先到医院做针对性的检查，如果病情不严重囊肿不大也是可以不用管的。
近年来随着现代技术的进步以及更愿意作囊肿次全切除实际的手术死亡率几乎不存在。表皮样囊肿属良性肿瘤，术后一般恢复良好，如肿瘤能大部切除，一般复发较晚，可延至数年甚至数十年。