多是由于肛腺脓肿，或者是坐骨直肠间隙脓肿，穿破肛提肌进入骨盆直肠间隙引起的。是肛门周围脓肿的一种。发病因素包括肥胖，糖尿病等。常见的致病菌是，大肠杆菌，金黄色葡萄球菌，链球菌，绿脓杆菌，厌氧菌，常伴有多种病原菌混合感染引起来的。治疗方法包括非手术治疗和手术治疗。非手术治疗主要是联合应用抗菌药物。手术治疗就是脓肿的切开引流。
一坐骨直肠窝较常见，多由肛腺感染经外括约肌向外扩散到坐骨直肠间隙而成。脓肿范围较肛周脓肿深而广，容积约有60～90ml，发病时觉患侧持续性疼痛，逐渐加重，坐立不安，也可有全身感染症状，如乏力、发热、食欲不振，甚至有寒战、恶心等。有时有反射性排尿困难。由于感染位置较深，初期局部体征不明显，以后出现患侧局部红肿，有时有深压痛。直肠指诊，患侧有压痛性肿块，甚至有波动感。
得了骨盆直肠脓肿一般要做手术，手术切口同坐骨直肠窝脓肿，但稍偏后且略长。左食指伸入直肠内探查脓肿位置并做引导，另一手持弯曲管钳经过皮肤切口，穿过肛提肌进入脓腔，按前后方向撑开排出脓液，再用右食指插入脓腔，分开肛提肌纤维，扩大引流，冲洗脓腔后，放入软像皮管或卷烟引流，并用安全别针固定，防止其滑入脓腔内。
对于肺脓肿的病人，在病情稳定的情况下，可以口服抗生素。口服抗厌氧菌的药物有：甲硝唑、替硝唑、奥硝唑等；还可以选用红霉素等肺部军团菌感染的脓肿，也可以选用阿奇霉素。
阿奇霉素口服的时候，一般都是服用三天，然后停用四天，因为阿奇霉素的药效会持续很久。肺脓肿患者有痰多，可以口服复方甘草合剂、氨溴索口服液等化痰药物。
全身症状跟骨盆直肠窝的脓肿相似，但局部症状主要是在尾底部出现酸胀，坠痛这样的感觉，另外直肠粘膜下，脓肿的患者，会有全身不适，疲倦发热，局部是以直肠刺激为主，有里急后重，下坠感，大便次数增多这样的表现，另外可能会表现为局部有红肿，破溃这样的症状。