生殖器短小也许是因为肥胖造成的，可以通过减肥来进行治疗，如果减肥以后阴茎还是发育短小，孩子还小，可以通过补充雄性激素来促进阴茎的发育。平时注意适当锻炼。可以吃一些热量比较低的食物。
一般来说，小儿肥胖性生殖无能综合征要做内分泌检查、精液检查、影像学检查等检查。
1、内分泌检查：小儿肥胖性生殖无能综合征要做内分泌检查，如果性激素、促性腺激素水平低下，促肾上腺皮质激素、促甲状腺激素在正常范围内可能是小儿肥胖性生殖无能综合征。
2、精液检查：小儿肥胖性生殖无能综合征要做精液检查，可以通过检查精液的量、精子数目等判断生殖功能有无异常。
3、影像学检查：小儿肥胖性生殖无能综合征要做影像学检查，比如CT、核磁共振等，可以判断患者有无颅内占位性病变。
一般情况下，男性生殖器短小可以通过生活护理、手术治疗等方式改善，具体内容如下：
男性生殖器短，只要不影响性生活，不影响生殖功能，可以通过调理肾脏来调理，可以口服六味地黄丸、五子衍宗丸等中成药，多运动，强身健体。如果影响到正常的性生活，可以选择到正规的泌尿外科进行阴茎延长手术，这样可以使阴茎延长3-5cm。但这种手术对病人的精神压力很大。
出现阴茎短小一般和个人体质、自身发育有关系另外注意身体是否肥胖，如果肥胖也可以影响，要注意饮食，避免肥胖，多活动。如果阴茎勃起功能正常，可以暂时观察，不必采取手术治疗。如果要想延长，可以采取阴茎延长术治疗，可以到正规医院外科就诊，根据病情采取手术治疗。
男性的生殖器都是先天发育定型的，到18-20岁，就已经定型了，是没有好的办法改变的。
阴茎过小最常见的原因，与先天性的发育有关，发育与营养状况不良都会导致阴茎过小。男性的生殖器官在成年之后，就会定形，不再发育。其次内分泌紊乱、阴睾或阴囊肿胀产生的阴茎“回缩”等，都可能造成阴茎短小。想要阴茎变长，只能通过做阴茎延长手术。
儿肥胖性生殖无能综合征治疗方法是，要注意平时避免给孩子吃油腻以及过多的零食，少吃油炸的食品，少吃盐。而且不能吃高热量的食物，也要注意睡眠要充足，保持良好的生活习惯，这样才能使病情好转。