肛瘘一旦确诊要手术，吃药和打针都没有治疗意义。手术之后伤口完全长好，需要一个半月左右的时间。术后需要每天换药，换到伤口完全长好，要多休息避免运动，饮食清淡。
应该减少对肛门创面的刺激，多吃粗纤维食物，保持大便的松软。如果疼痛比较明显、比较剧烈，可以静脉滴注止痛药物，也可以口服止疼药物，也可以缓解疼痛。等到创面生长到一定的程度，疼痛就会减轻。
这通常必须手术治疗。效果会更好。可以用热毛巾敷在腹部，顺时针方向按摩。可以选择三级以上的医院做手术。术后注意护理。每天用清水清洗肛门，用温水洗澡，注意饮食，多喝水，多吃易消化的食物，少吃刺激性食物，不要吃冷、硬、辣的食物。
肛瘘能吃粉干的，有肛瘘的情况下，建议不要吃辛辣的食物，也不要饮酒即可，其他的食物对病情影响不大，但是确诊后可以遵医嘱积极安排手术，否则对正常的生活影响大，观察是否有疼痛。
肛瘘是肛周脓肿发展到一定程度形成的，一般不可自愈，发展到一定程度后会产生严重的危害：肛瘘导致流脓感染，疼痛、瘙痒，坐立不安，随着病情的发展，肛门组织受到破坏，容易产生肛门失禁；由于大量的炎症和细菌侵袭，出现了恶变的危险。早期肛瘘发生存在潜在的危险，早治疗可有效防止危害的产生。肛瘘早期治疗方法有药物治疗、传统手术等。
应该减少对肛门创面的刺激，多吃粗纤维食物，保持大便的松软。如果疼痛比较明显、比较剧烈，可以静脉滴注止痛药物，也可以口服止疼药物，也可以缓解疼痛。等到创面生长到一定的程度，疼痛就会减轻。