一般来说，真菌感染龟头炎可以使用药物治疗。
白色念珠菌感染会导致真菌感染性龟头炎，局部可用5%的碳酸氢钠溶液或高锰酸钾粉1:5000外洗，局部可用硝酸咪康唑软膏或克霉唑软膏外用。每日早晚用，彻底恢复要花4到6个星期。在治疗过程中，由于真菌具有极高的传染性，很容易发生交叉感染，所以穿着的内衣要用热水烫一下，放在阳光下曝晒，细菌在高温下很容易被杀死。
真菌感染龟头炎首先就要将包皮龟头清洗干净，保持干燥。因为真菌一般都是在阴暗潮湿的环境下生长，破坏这种生长环境，真菌一般都会慢慢治疗好。也可以外用抗真菌药膏进行治疗。
真菌感染的龟头炎治疗首先就要将包皮龟头清洗干净，保持干燥。因为真菌一般都是在阴暗潮湿的环境下生长，破坏这种生长环境，真菌一般都会慢慢治疗好。也可以在龟头上涂抹抗真菌药膏，一般3到5天就可以治疗好。不主张口服抗真菌的药物，都是以局部用药为主。
龟头炎及真菌感染，现在不需要口服药物，可以提取分泌物进行化验。现在可以采取洗液清洗后外用药物，如果是包皮过长引起，可以考虑手术环切的，具体的，根据自身的情况来判断的，平时不可以过多的刺激其。
龟头炎主要有以下几种类型：急性浅表性龟头炎：患处红斑、肿胀、糜烂、渗出；自觉疼痛及瘙痒。多由于摩擦、避孕套（药）、清洁剂等刺激引起。念珠菌性龟头炎：早期潮红，表面散在针尖大小红色丘疱疹，其上覆有点状乳酪样分泌物，脓疱，严重时糜烂，渗出。分泌物直接镜检见念珠菌孢子及菌丝。
龟头炎伴真菌感染的治疗主要是应用抗真菌药物治疗。这个一般是与性生活当中接触到霉菌性阴道炎等引起的有关，在治疗的同时要避免性生活。饮食方面要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物。