由于子宫内膜异位的位置，以及严重程度不同，所以其怀孕几率就会有很大差异。如果是子宫内膜腺体和间质侵入到子宫肌层，其不孕的几率可以达到40%左右，所以能够怀孕的几率还是有60%。但如果女性的子宫内膜只是异位到单侧的输卵管上，而另一侧输卵管没有任何异常，这时的怀孕几率可以高达80%以上。如果子宫内膜是异位到腹壁切口处，通常是不会影响怀孕。
子宫内膜异位症在体内雌激素水平降得非常低，以至于接近没有的时候，它可能会自愈。更年期以后或到绝经期以后，当雌激素降低至原来的五分之一以下，就有自愈的机会，因为那个时候就绝经了，卵巢功能衰退，如果不是这种情况，一般没有自愈的可能。
通常情况下，怀孕不建议治疗子宫内膜异位症。
子宫内膜异位症简称内异症，是子宫内膜组织长在子宫腔和子宫肌层外面位置的一种疾病。患者通常有痛经、血尿、腰痛等不适症状，治疗内异症的目标是去除病灶、减轻疼痛、促进生长发育，而怀孕以后，患者体内雌激素水平会降低，导致异位子宫内膜没有充分的雌激素刺激，就引起异位子宫内膜萎缩甚至死亡，对于异位子宫内膜起到抑制的作用。但并不能去除病灶，减轻疼痛，因此怀孕一般不建议治疗子宫内膜异位症。
当患有子宫内膜异位症时，应积极就医，根据病因治疗。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
子宫内膜异位症可以通过保守用药或者微创手术的方式来治疗的，先看一下症状是否严重。如果有痛经或者经期出血量异常的情况，那建议用药止痛，否则会影响到正常的生活的，如果用药后病情没有缓解，可以通过手术进行治疗，不能排除反复的几率。
患有子宫内膜异位症，如果是年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕药。年龄偏大，症状较明显的女性，如盆腔包块较明显，超过4cm，建议采用手术治疗。通常在绝经后，症状会明显改善。