肛门疼痛多由于肛裂，肛周脓肿等疾病引起的不适。如果排便出血、并伴有疼痛、经常性便秘，则多考虑是肛裂引起的，如果肛门存在肿痛、有包块，而且伴有发热的症状，则多考虑为肛周脓肿引起。
腺肌症通常不会导致肛门疼痛。
腺肌症通常表现为月经不调、剧烈痛经，少数人可能表现为肛门疼痛，可能是因为痛经过于剧烈反射到肛门，从而引起肛门疼痛。腺肌症的病因表现为子宫内膜，由于一些原因进入到肌层所造成的。通常肛门疼痛的原因有很多种造成，并不一定为腺肌症，但是肛门疼痛逐渐加重和出现包块、便血等情况时，应立即去正规的大医院进行治疗。
很多疾病可以引起，比如肛周脓肿，直肠炎，肛窦炎，肛裂等，需要进一步检查，比如做个肛门指诊和肛门镜等检查，需要注意休息，避免劳累，保持肛周清洁，多喝开水，不要吃辛辣刺激食物，多吃香蕉等食物，避免大便干结，避免熬夜等。
慢性腹泻会引起肛门痛，腹泻时肛门痛是很正常的现象，擦拭臀部时动作要轻柔，而且要用比较柔软的纸巾。有比较频繁的腹泻症状需要到医院就诊，在医生指导下查大便常规、轮状病毒、大便隐血试验、血常规、血生化等相关检查，了解是感染性疾病引起的腹泻，还是非感染性疾病引起的腹泻。
肛门痛不会引起龟头刺痛，龟头刺痛，有可能是病人频繁性生活，纵欲过度而导致的，建议病人要控制性生活的次数，避免因为性生活引起的生殖器的疾病。注意饮食不要吃辛辣食物。
肠胃功能紊乱是可能会造成肛门有一些不舒服的，如果长时间便秘，那么可以在医生指导下使用一些药物来改善。平时要注意调整好情绪，避免压力过大，避免辛辣刺激油腻生冷的食物，注意平衡膳食，多吃一些新鲜水果蔬菜。