本品的主要不良反应有恶心、口干、便秘、腹泻、头晕、失眠、皮疹、疲劳、发热、浮肿、疼痛、呕吐、腹痛、食欲增加、体重增加等。其次文献报道还有高血压、抑郁、焦虑、呼吸困难、咳嗽。其他还有淋巴细胞计数下降、肝功能指标异常等。在临床试验中，只有3%的病人由于不良反应终止治疗，主要在依西美坦治疗的前10周内，由于不良反应在后期终止治疗者不常见。
头晕属于不良反应，应该控制他汀类药物的使用，他汀类药物主要的不良反应对肝脏的影响，因为少数服用本品之后可以观察到转氨酶的升高，转氨酶的升高正常在停药之后，转氨酶都能恢复到正常。不良反应神经系统的症状，常见的可能会有头晕、头疼。不良反应胃肠道的症状，比如恶心、呕吐、反酸、腹痛。皮肤的症状，少数可以出现皮肤瘙痒、皮疹和荨麻疹。
叶酸的副作用有会对神经系统造成一定的损伤，服用叶酸片有可能会影响锌的吸收，导致体内锌的缺乏，服用叶酸片还有可能会诱使惊厥的发作。在医生指导下合理服用，不能过量服用，以免引起中毒症状。
服用安眠药一段时间以后便对其产生了依赖性，不再用药就难以入睡或通宵不眠。出现噩梦频多，易早醒，日间常会乏力昏昏沉沉。直接影响大脑平衡和保持头脑清醒的能力。变得情感冷淡或脾气暴躁，常会为小事发火。还可延长呼吸暂停的时间，容易出现睡眠中呼吸暂停时间过度延长而死亡。或者口干舌燥，视物模糊，眼睛干涩，反应迟钝等。
服用利尿药增加排尿次数，可以减轻身体浮肿的症状，同时也可致口渴感，大剂量的利尿药可导致脱水或低血压。这是非常危险的，所以服用药物时一定要按照医生所说的剂量来服用，切不可超量服用。
目前对于这种药物的禁忌和不良反应尚不明确，但是在服用该药物期间要注意节房事，切忌气恼，避免过度劳累，要注意休息。服药期间如果出现口干苦、咽痛者，可以服用少量的清火药或停药数天，症状即可缓解。患者在服用该药物时，最好是在医师的指导下进行服用，并且要遵医嘱服用药物，不可私自增减药物，以免延误病情，造成不良后果。