一般肛周脓肿术后最少也要3-4周的时间恢复。如果是高位的脓肿，可能时间会更长。不过一般术后可以通过熏洗，换药等情况可以促进愈合。肛周脓肿术后伤口愈合慢大多是由炎症感染，低蛋白血症，保养和调理不周等多种原因导致的。应该按时到正规公立医院肛肠科换药消毒，保持肛门清洁卫生，多喝水，多吃蔬菜水果，忌辛辣等刺激性食物，戒烟酒，避免便秘；使用抗炎药物治疗炎症感染，如果有条件，可以使用白蛋白等药物治疗，能够促使伤口愈合。
肛周脓肿自行溃破或人为切开以后，就形成了肛瘘，主要的治疗方式还是需要进行治疗，处理原发的感染内口。内口处理好了，一般不会再复发。所以一般不会存在内口已长好，而外口一直不愈合的情况。
肛周脓肿手术后还有线是因为如果肛周脓肿位置深、范围大、位置高，进行脓肿完全切开引流会有损伤肛门括约肌的可能，从而影响排便功能，因此为了避免这种症状的发生，手术时可以根据情况外面脓肿切开后，行脓肿深部高位处结扎一个缝线（挂线疗法），通过缝线的切割作用使组织逐渐愈合。
肛周脓肿多由肛腺感染经外括约肌皮下部向外或直接向外扩散而成。建议，少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，平时保持肛门清洁，每次排便后，记得用温水将肛门清洗干净，多吃燕麦、糙米等富含膳食纤维的食物，注意少吃油炸熏烤食品，少吃味香肥美的油腻食品。
肛周脓肿因为是肛门局部手术，如果是低位或创伤较小，仅做切开引流术，手术当天就可以坐立。术后早期可适当少坐，逐渐过渡。有些病人坐久局部疼痛会比较明显，不主张早期多坐，但一般术后4-5天以后，正常坐应该没有问题。对于挂线手术以后，结扎线脱落后再坐会更好一些。