采用观察疗法或手术治疗。手术治疗创伤大，但如切除一侧卵巢，则可能影响女性内分泌状态，易发生月经紊乱、不孕和卵巢早衰等症。注意局部的卫生应该加强营养，但是避免压力大。
巧克力囊肿这种最为常见的妇科疾病，在临床上受其病症的危害，会出现月经紊乱、痛经、不孕、性交痛等危害。得了巧克力囊肿的病症选择何种治疗方法一定要根据病症的严重程度以及自身的身体情况等因素选择适合自身病症的治疗方法对其进行治疗，才能有效的摆脱其病症的危害。
子宫内膜异位卵巢巧克力囊肿可以怀孕，但是怀孕的几率比较低。如果巧克力囊肿的周围没有粘连，输卵管通畅，卵巢有排卵，就能够怀孕。如果巧克力囊肿形成的时间较长，囊肿内反复出血，输卵管卵巢周围粘连严重，输卵管伞端粘连包裹，输卵管不通畅，就不能够怀孕。
卵巢子宫内膜移位囊肿，可以结合临床症状对症治疗，可以在医生指导下配合活血化瘀药物治疗，可以去医院中医科进行辩证治疗。平时要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，饮食行为很不要吃油腻食物和油炸食物，控制体重在正常范围，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。
子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，对身体健康又严重的影响，而且还有可能导致女性的不孕，因此及时的发现和治疗子宫内膜异位症是非常重要的。目前，对子宫内膜异位症的检查通常采用以下三种方法：B超检查、X线检查和腹腔镜检查。
生完孩子月经恢复后巧克力囊肿有复发可能，但也有个体差异。注意不要吃辛辣刺激生冷的食物，注意休息，调整好心情，注意保暖。同时要保持外阴的清洁和卫生，内裤要勤洗勤换，避免炎症定期复查。