巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
巧克力囊肿如何检查问题，需要做的检查有：阴道后穹隆穿刺。这种检查可以抽出咖啡色或者是巧克力色浑浊液，甚至有的是血性液体。抗子宫内膜抗体，这是一种以子宫内膜为靶抗原，可以引起一系列的免疫病理反应的一种自身的抗体，是子宫内膜异位症的一个标志抗体。B型超声检查。这种检查方法可以看见附件区和子宫密切相连的地方有一个轮廓不规则的囊腔，其液性暗区中充满弥漫性的杂乱细回声，或者是不均匀的片状回声。
巧克力囊肿复发时，疼痛，巧克力囊肿病患会不同程度的出现小腹疼痛，白带异常、月经紊乱失常。不孕症，将近一半的病患因盆腔器官的粘连，使输卵管的蠕动受阻而造成不孕不育。痛经，夫妻性生活中还会伴有疼痛感出现。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
巧克力囊肿的复发率也是很高的，甚至更高。这主要是因为巧克力囊肿会造成囊肿壁与子宫组织发横粘连，手术很难将囊肿完整切除，在切除过程中多数会造成囊肿破裂，引起复发。吃药期间可以抑制囊肿不增长，但是巧克力囊肿的囊液根本不会因为吃药而消失。囊肿长大到一定程度由于囊内张力增高会导致自行破裂，可能由原来的一个囊肿发展成为两个甚至多个，由只是单侧囊肿发展变成双侧都有，所以要及早选择合理方法。
